Los tres primeros días fueron de intenso combate. Las fuerzas constitucionalistas preparaban el ataque a San Isidro, bastión del otro grupo militar. Todo quedó en preparativos, a pesar de que se libraron intensas batallas frente al Puente Duarte, único punto por el cual la ciudad podía ser atacada por el grupo de san Isidro. El presidente de los Estados Unidos, Lyndon B. Johnson, envió el 28 de abril de 1965 a más de 40,000 marines norteamericanos a tierras dominicanas so pretexto de proteger vidas y vienes de los ciudadanos de los Estados Unidos.

El movimiento en contra del Triunvirato y la política de Donald Reid Cabral, que buscaba perpetrar un golpe de Estado, desembocó en una Guerra Civil de graves consecuencias. La Intervención Norteamericana de 1965 tiene también explicaciones de orden geopolítico. La Revolución Cubana se había fortalecido. Existía el peligro de la internacionalización de los focos guerrilleros para expandir la revolución socialista. Recordemos que para esa época, estaba también la escalada bélica en Vietnam. Parecía que la misión de los Estados Unidos era la de convertirse en el principal luchador contra las fuerzas comunistas del mundo.

La presencia de los marines norteamericanos fortaleció al grupo militar que enfrentaba a los constitucionalistas. La ciudad de Santo Domingo quedó virtualmente dividida en dos mitades. De mayo a septiembre de 1965 el país contó con dos gobiernos militares: el Gobierno Constitucionalista, cuyo presidente era el coronel Francisco Alberto Caamaño, y el Gobierno de Reconstrucción Nacional, a cuya cabeza estaba el general Antonio Imbert Barreras, uno de los organizadores del complot que perpetró la muerte de Trujillo y declarado anticomunista. Los enfrentamientos prosiguieron a lo largo de esos meses.

La Guerra de Abril no termino por la acción militar, sino gracias a la diplomacia internacional. La Organización de Estados Americanos (OEA) jugó un papel estelar. En agosto de 1965 se iniciaron formalmente las negociaciones. El 3 de septiembre de ese año se firmó el Acta de Reconciliación Nacional. Ambos Gobiernos acordaron renunciar y elegir un Gobierno Civil provisional que estaba presidido por Hector García Godoy. Otros acuerdos fueron: la celebración de las elecciones en 1966, la declaración de una amnistía general, el desarme de los civiles y el retiro de los militares norteamericanos.

Además del Acta de Reconciliación, se firmó el Acto Institucional, especie de constitución para elegir el lapso entre el cese de las hostilidades y la toma de posesión del nuevo Gobierno Constitucional.

La tarea de organización de la elecciones fue cumplida por el presidente García Godoy. Se abogaba por la instauración de un gobierno democrático, pero existía entre los sectores de poder de que Bosch pudiese retornar, al resultar ganador de la contienda electoral. Se asomaba de nuevo el fantasma del comunismo y el peligro de una nueva Cuba en el Caribe, esta vez instalada por vía democrática. Había que hacer algo. Los sectores de poder apostaron al Partido Reformista, que lideraba Joaquín Balaguer. El Partido Revolucionario Dominicano. Organización política fundada por Bosch, su candidato presidencial para esas elecciones, debió sufrir las consecuencias de no haber sido elegido como favorito de los sectores que parecían decidir los destinos del país.

Durante los meses que duro el proceso, el flujo de masas, la algarabía popular por participar en la contienda electoral, se vio afectada por la represión. Se afirma que durante el proceso mas de 300 dirigentes del PRD fueron asesinados, como una forma de advertencia. La vida del líder de ese partido peligraba, teniendo que hacer campaña política desde su casa y haciendo uso de la radio. Joaquín Balaguer gano los comicios, iniciando el periodo conocido como Los Doce Años de Balaguer . Una vez más Bosch Partió al exilio.